Bis zur Aufhebung 1773
Um die Mitte des 16. Jahrhunderts war die religiöse Situation und besonders die Lage der katholischen Kirche in weiten Teilen der habsburgischen Erblande verworren: viele Pfarren waren verwaist (in Wien hatte es 20 Jahre lang keine Priesterweihe gegeben) und der Großteil des Adels neigte dem Protestantismus zu. In dieser Lage ergriff König Ferdinand I. die Initiative. Schon 1542 hatte er P. Nikolaus Bobadilla kennen gelernt, einen der ersten Gefährten des Ignatius, und am Augsburger Reichstag 1545 hörte er die Predigten des P. Claude Jay, von denen er tief beeindruckt war. So schrieb der König am 11. Dezember 1550 an Ignatius von Loyola nach Rom, dass er beabsichtige, in Wien möglichst bald ein Kolleg zu gründen. Dazu bitte er um die Entsendung von Claude Jay und einigen anderen Jesuiten. Ignatius stimmte sofort zu.
Bereits am 25. April 1551 trafen die ersten Jesuiten in Wien ein. Der Kaiser wies ihnen zunächst einen Teil des Dominikanerklosters als Wohnung zu. Von hier aus begann P. Jay zu predigen und Beichte zu hören. Bis Ende desselben Jahres waren bereits 18 Jesuiten in Wien, und im März 1552 schloss sich ihnen P. Petrus Canisius an.
Von allem Anfang an wurde die Ausbildung der Jugend als besonders wichtig erachtet. Deshalb begannen die Jesuiten bald mit dem Schulunterricht. Dies führte zu einem Konflikt mit der Universität, die laut der albertinischen Stiftungsurkunde von 1384 das alleinige Recht hatte, eine neue Schule zu bewilligen. 1553 erhielt die Gesellschaft Jesu aber doch die offizielle Erlaubnis der Universität. Der Unterricht war kostenlos und der Andrang groß: 1554 zählte man in fünf Klassen bereits fast 300 Schüler. Ebenfalls in diesem Jahr übersiedelten die Jesuiten mit allen Schülern in ein neues Haus, in das ehemalige Karmeliterkloster Am Hof.
Zu dieser Zeit hatte die Wiener Universität durch politische Streitigkeiten, die Pest von 1521, die permanente Bedrohung durch die Osmanen, finanzielle Probleme sowie die Feindschaft zwischen Freunden und Gegnern Luthers einen Niedergang erlebt. Ein Jahr nach der Türkenbelagerung von 1529 hatte sie nur noch 30 Studenten, die juridische Fakultät war aufgelöst worden und an der theologischen Fakultät fanden in manchen Jahren überhaupt keine Vorlesungen statt. König Ferdinand beauftragte aus diesem Grund eine Kommission (der auch Petrus Canisius angehörte) mit der Ausarbeitung eines Reformplans, den er dann am 1. Jänner 1554 per Verordnung in Kraft setzte.
Zur gleichen Zeit äußerte der König den Wunsch, ein Theologe möge ein kurzes Handbuch der christlichen Lehre verfassen - daraus entstand der bekannte Katechismus des Canisius, der erstmals 1555 in Wien gedruckt wurde.
In den folgenden Jahrzehnten kam es immer wieder zu Spannungen zwischen dem Jesuitenorden und der Universität. 1623 wurde schließlich (mit Billigung Kaiser Ferdinands II.) eine Übereinkunft geschlossen, die sogenannte "Pragmatische Sanktion". Darin verzichteten die Jesuiten unter anderem auf das Rektorat der Universität, dafür blieb die Ernennung von Jesuiten zu Professoren allein Sache des Ordens.
Im selben Jahr übersiedelten Schule sowie der philosophische und theologische Lehrbetrieb in die Räume des früheren Herzogskollegs, das fortan Collegium academicum hieß. Daraus entstand durch Renovierungen, Adaptierungen, Abrisse und Neubauten das auch heute noch bestehende Viertel um die Alte Universität. Das dazugehörende Gotteshaus, die heutige Jesuitenkirche, wurde um 1703 von Andrea Pozzo SJ zu einer der schönsten Barockkirchen Wiens umgestaltet.
Die Schüler- und Studentenzahlen wuchsen dermaßen an, dass 1650 aus Platzgründen die Schule wieder in die Jesuitenniederlassung Am Hof zurückverlegt werden musste. Bedeutende Jesuiten-Professoren waren u.a. der Mathematiker P. Paul Guldin (1577-1643), der Dramatiker P. Nikolaus Avancini (1611-1686), der Astronom P. Maximilian Hell (1720-1792) und der Dichter P. Michael Denis (1729-1800).
Neben ihrer Lehrtätigkeit hielten die Jesuiten Predigten in vielen Wiener Kirchen, kümmerten sich um die Spitals-, Heeres- und Gefängnisseelsorge und wirkten als Beichtväter. Ein Schwerpunkt ihrer Tätigkeit war die Leitung der (Marianischen) Kongregationen verschiedener Stände sowie von Bruderschaften. Von Bedeutung war auch das nicht immer unumstrittene Wirken mancher Jesuiten als Hofbeichtväter (besonders zu erwähnen ist hier P. Wilhelm Lamormaini als Beichtvater Kaiser Ferdinands II.).
Die Ausbildung am 1746 gegründeten Theresianum (einer Schule zur Heranbildung junger Adeliger für den Dienst als Diplomaten, Beamte und Militärs) wurde von Maria Theresia größtenteils in die Hände der Jesuiten gelegt. Ebenfalls von dieser Kaiserin wurde P. Ignaz Parhamer 1759 die Leitung des großen Waisenhauses am Rennweg übergeben. Gleichzeitig wurde an der Universität, vor allem auf Drängen des Leibarztes der Kaiserin Maria Theresia Van Swieten, durch verschiedenste Neuregelungen der Einfluss des Ordens massiv eingeschränkt. Nach 1773 wurde Ex-Jesuiten die Lehrtätigkeit an theologischen Fakultäten untersagt. Auf mathematisch-naturwissenschaftlichem und historischem Gebiet wirkten Angehörige des aufgelassenen Ordens jedoch weiter.
Neben den Niederlassungen Am Hof und an der Universität war seit 1628 das Noviziat des Ordens in St. Anna beheimatet (von den dazugehörenden Gebäuden in der Annagasse steht heute nur noch die Kirche). Außerdem waren mit dem universitären Collegium academicum drei Internate verbunden: das Barbara-Kolleg, das Konvikt des hl. Ignatius und das Pazmanäum.

Nach der Wiedererrichtung 1814
Nachdem schon 1829 die ersten Jesuiten wieder nach Österreich gekommen waren, entstand 1846 erneut eine Österreichische Provinz. Als 1853 die Predigten von P. Joseph Klinkowström in der ehemaligen Jesuitenkirche Am Hof großes Aufsehen erregten, erlaubte Kaiser Franz Joseph den Jesuiten die Rückkehr nach Wien. 1856 wurden ihnen die Jesuitenkirche (Universitätskirche) am Dr.Ignaz Seipel-Platz sowie Räume im anschließenden Gebäude als Wohnung übergeben. Die Ordensmitglieder arbeiteten in verschiedenen Formen und Bereichen der Seelsorge: Predigten, Beichthören, Exerzitien, Volksmissionen sowie Leitung von Kongregationen und Bruderschaften. 1908 übernahm der Orden wieder die Kirche Am Hof und errichtete dort ebenfalls eine Niederlassung, die jedoch 1952 wieder aufgelassen wurde.
In der Residenz an der Jesuitenkirche gründete P. Walter Riener in den 50er Jahren das "Soziale Bildungswerk" (1958 wurde er dann Leiter der "Katholischen Sozialakademie" der Österreichischen Bischofskonferenz). Die Schwerpunkte der gegenwärtigen Tätigkeit der Jesuiten von Wien 1. liegen in der Seelsorge an der Kirche, im Dialog zwischen Kirche und zeitgenössischer Kunst sowie in der Betreuung der Alten Burse als eines Begegnungs- und Seelsorgezentrums für alle Generationen (die J-GCL Alte Burse hat einen Jesuiten als Spiritual). Mitglied der Kommunität ist auch P. Georg Sporschill, der im Jahr 1991 begann, sich im Auftrag der Caritas um Straßenkinder in Rumänien zu kümmern, woraus sich Concordia entwickelt hat.